ولم يمر سوى القليل، وبدأت صفحة جديدة في مسيرة الخطيب، ليس كلاعب، ففي عام 1988 انتخب كعضو لمجلس إدارة النادي الأهلي، ومن الإدارة لمنتخب مصر، ففي 1995 كان المنتخب الوطني يمر بفترة لا يحسد عليها، بقيادة الهولندي رود كرول.

ومع نهاية مدة المدرب الهولندي في يونيو 1996، تولى فاروق جعفر نجم الزمالك الأسبق، تدريب منتخب مصر وتولى الخطيب منصب المدير العام، لكن لم يستمر الأمر طويلا، ونشبت أزمة بينهما، تحدث عنها الخطيب في مقطع فيديو قديم.

وبعد أزمة الخطيب وجعفر، قرر اتحاد الكرة المصري إجراء تغيير في الجهاز الفني، ليعرف الخطيب خبر إقالته من الجرائد اليومية، عندما أخبره البائع بألا يحزن لهذا القرار، حينها ذهب إلى الاتحاد وقدم استقالته ورد قيمة التعاقد لمدة ستة أشهر وبلغت 87 ألف جنيه، حسبما ذكر في تصريحات مع الإعلامي أحمد شوبير في برنامج "ملعب أون تايم".

وكان رأي الخطيب حينها، أن الكرة المصرية تحتاج إلى نظام وسياسة عامة مستقرة، حتى تكون هناك منتخبات وطنية على أعلى مستوى، قال الخطيب لشوبير عن هذا الأمر في مقطع فيديو: "أنا وفاروق جعفر زملاء عمر، ولن أسمح لأحد أن يعبث بصداقتي معه، لم يحدث بيني وبينه أية مشكلة، الأزمة كانت من اتحاد الكرة نفسه الذي أعطي لي نفس المهام والسلطات التي أعطاها لفاروق وبالتالي كانت الخلافات، تم الاتفاق معي على تولي مسئولية المدير العام للمنتخب والمسؤول الأول عنه، وهو نفس الاتفاق مع فاروق جعفر، لا يمكن أن يتم تكليف شخصين بنفس المهمة هذا ليس مهنيًا".

وأضاف: "بعد اجتماع اتحاد الكرة بيوم واحد تواصل معي سمير زاهر – رئيس الاتحاد - وطلب مني الحضور للجلوس مع أحد المسئولين عن شركات السياحة الذي عرض علينا توفير طائرة خاصة لنقل اللاعبين إلى ليبيريا قبل مباراتنا ضدهم، وتم الاتفاق على الخطوط العريضة بشأن الأمر، بعدها فوجئت بتواصل عضوين من الاتحاد معي وطلبوا مني سرعة تقديم التقرير الخاص بي، وبالفعل سلمته بعدها بساعات، بعدها فوجئت بخبر عن سفر رئيس اتحاد الكرة وأمين الصندوق إلى عمان للاتفاق مع مدير فني جديد لتولي المهمة الفنية للمنتخب، وقتها لم أفكر ما هو التصرف الصحيح للرد على ما يحدث، كان من حقهم الاستغناء عن خدمات الجهاز الفني بشكل أفضل، فضلت تقديم استقالتي ورد المبلغ الذي تقاضيته والبالغ 87 ألف جنيه خلال 5 أشهر عمل حفاظا على كرامتي وتاريخي".

وبعدها كان قرار الخطيب بالعودة إلى الأهلي من جديد، في المناصب الإدارية، وفي عام 2000 تولى منصب أمين الصندوق، ومع رحيل صالح سليم، تولى الخطيب منصب نائب الرئيس الذي كان حينها حسن حمدي، خلال الفترة من 2002 حتى 2014.

وخلال هذه الفترة كان الخطيب الرجل الثاني داخل القلعة الحمراء، وشهد تتويج الفريق بـ8 بطولات دوري مصري وبطولتين كأس مصر و5 بطولات دوري أبطال أفريقيا وأربع بطولات سوبر أفريقي، بالإضافة إلى 6 بطولات سوبر مصري.

وشارك الأهلي خلال فترة الخطيب كنائب للرئيس، في كأس العالم للأندية 5 مرات، وتمكن من حصد المركز الثالث في نسخة 2006.

ومنذ بداية 2011، استقال الخطيب من منصبه داخل وكالة الأهرام، للتفرغ لعمله الخاص و كنائب لرئيس الأهلي، وفي تلك الفترة فازت الوكالة برعاية الأهلي، مقابل 141 مليون جنيه لمدة 4 سنوات، وتوارى الخطيب قليلا عن الأضواء، خاصة مع عام 2014.

ليعود مرة أخرى في ديسمبر 2017، ويحطم الرقم القياسي في انتخابات النادي الأهلي، ويحصد أكثر من 20 ألف صوت على مقعد رئيس النادي، متفوقا على محمود طاهر، لتبدأ رحلته في منصب الرئيس الذي يستمر حتى الآن.